空調問題除了前面提到的冷卻水塔所造成的鋼窗鏽蝕問題之外，室內側溝的風管和出風口視覺上也很顯眼(P1)，在座椅兩側木矮牆上露出來，除了噪音，也影響教堂室內美觀。 改善方式是把既有空調換成新的VRV系統，移除冷卻水塔，把室外機移到離教堂比較遠的地方(P2)，用紅磚透空外牆融入校園環境(P3)，讓噪音源遠離。 而原本地下室室內機的機房繼續使用，但加強隔音處理。修復過程中沿用舊的孔洞配管配線，避免破壞古蹟本體。 側溝的空調出風口，我們用視覺上比較不顯眼的格柵處理，降低在矮牆下方(P4)，一樓會眾區不管站著坐著都看不太出來。 除了美觀問題，我們也一併測試了不同出風口的角度對室內熱環境的影響，我們模擬了45度、60度、90度，三種出風角度(P5)。最後發現往上90度的出風，對室內熱環境是最好的，簡單來說，原因在於教堂的雙曲面牆會把往上90度的氣流撞壁後反彈回中央，使冷氣分布更均勻。 最後是空調噪音問題，我們也用了消音箱、消音風管等措施，機房裡貼滿隔音墊，把噪音源降低。教堂修復竣工時找了第三方單位做噪音測試(P6)，平均22個點測分貝數，噪音量跟以前比有非常顯著的改善。 總體來說，空調設備部份我們不僅解決的原本藥劑蒸散的問題，還一併處理了美觀(P7)、熱環境、噪音等問題，可以說雖然外觀看起來不像木地板或是鋼窗立面這樣有明顯的翻新，但是相信在教堂的使用者體感上，還是可以很明顯感受到整體舒適度的提升。
