此時的古笨港已成為北港溪下游商船聚集的河港，笨港與臺南府城的距離適中，又透過小港道與鹿耳門頻繁商業互動，使得笨港成為八掌溪至大甲溪之間，成長最快的港口。 18世紀的笨港貿易快速發展茁壯，從1717年到1740年代，古笨港已經從17世紀的捕獵漁撈聚落，搖身一變成為繁榮興盛的街市。 古笨港聚落的快速發展，受到了清朝政府的高度重視，雍正九年（1731），在笨港設置了「八品縣丞」（副縣長），協助諸羅縣令治理此地。到了乾隆年間，由於人口繁多，官方開始在笨港建倉儲糧，同時增加笨港水師汛的駐兵額以及巡哨船，提高了古笨港的防衛力量。
