九宮坑道於東側烈嶼島東側設置有南、北兩處提供小艇出入的坑道口，此處為南坑道口。該坑道出口原規劃於第一期一坑二洞的計畫案內，然因一、二期調整設計，改安排在第三期的增建工程施作；1964年12月由接替烈嶼守備區的陸軍34師，再起金鯨計畫第三期工程，目的在於增加20艘小艇存放空間以及構築人員坑道等相關設施，三期工程於1965年10月完工，海軍第二大隊第四中隊於同年12月進駐坑道使用，並存放LCM運輸艇27艘、砲艇2艘、救難艇2艘，以及容納海軍官兵143名進駐人員坑道。
南坑道設有一處陸地坑道口連接至陸地人員坑道與北坑道，並於坑口水道上留有閘門鋼板，該段坑道人行道會因漲潮而淹沒，不利開放參觀。 
