税関は清朝・咸豊4年（1854年）に設立され、長い歴史を持ちます。税関は国庫を豊かにする財政機能や経済発展を促進する経済機能を担うほか、不法行為の取締りや社会の安全を守る国境の守護機能も兼ね備えています。税関の成長を記録してきた文化財を永続的に保存するため、1976年（民国76年、1987年）には海関博物館の設立が検討され始め、籌備小組（設立準備委員会）が発足しました。10年の準備期間を経て、民国85年（1996年）に新たな税関ビルが竣工し、同年11月14日に海関博物館と税関ビルが同時に開幕・オープンし、一般市民への無料公開が始まりました。 海関博物館は大稲埕（ダーダオチェン）の歴史的街区に位置しています。19世紀半ばに台湾が開港・開商すると、大稲埕は世界の貿易システムに組み込まれ、20世紀には鉄道と繋がる海陸の交差拠点へと発展しました。海関博物館が入る財政部関務署（税関庁）のビル周辺には、大稲埕埠頭（波止場）、北門、旧総督府鉄道部、三井倉庫、台北郵便局、旧大阪商船株式会社台北支店など、いずれも税関が象徴するグローバル化の発展と深く関わる史跡・観光スポットが数多くあります。民国111年（2022年）には、厳選した館蔵品100点を現代のデジタル技術と組み合わせて刷新・再整備しました。民国113年（2024年）11月15日、海関博物館は全く新たな姿でふたたびオープンし、税関の歴史と年中無休の業務・サービスを新たな視点から紹介するとともに、収蔵・体験・教育の機能を兼ね備えた税関知識の探求の場として生まれ変わることが期待されています。
