1962年的《台灣人四百年史》受限於政治環境的影響，只能在海外發行。一直到1980年漢文版問世，以及1988年鄭南榕翻印版出現以後，才開始大量地在臺灣地下流通。 即使被列為「違禁出版物」，仍無法阻擋讀者爭先搶讀的好奇心，市面上也存在各種盜印、抽印、割書傳閱等形式，成為臺灣閱讀史中少有的特殊案例。政治受難者家屬王文宏也說，他曾經利用大味噌桶，將《台灣人四百年史》漢文版偷偷運回臺灣。 1991年「獨台會案」爆發，調查局進入校園逮捕廖偉程、陳正然、王秀惠、林銀福等人，指稱他們閱讀《台灣人四百年史》、協助史明在臺灣發展地下組織。一時間大專院校內風聲鶴唳，恰好映襯出這本書的複雜面貌。
